Pondok pesantren adalah lembaga pendidikan yang memiliki peran multifungsi—bukan hanya sebagai tempat menimba ilmu agama dan siraman rohani, tetapi juga sebagai pusat musyawarah, pembentukan karakter, dan pengembangan intelektual serta keterampilan. Dari lingkungan pesantren inilah diharapkan lahir generasi umat yang berakhlak mulia, berpikiran luas, dan memiliki kecakapan hidup yang tinggi.

Berangkat dari visi luhur tersebut, pada tahun 1988, KH. Ali Maufur mendirikan Pondok Pesantren Al-Khoir di Buntet Pesantren, Kecamatan Astanajapura, Kabupaten Cirebon. Dengan semangat mencetak santri yang unggul dalam ilmu dan akhlak, beliau memulai perjalanan pendidikan dengan sistem tradisional khas pesantren, yaitu pengajian kitab kuning menggunakan metode bandongan.

Dalam pengajaran Al-Qur’an, KH. Ali Maufur membimbing langsung para santri laki-laki. Sementara itu, pembelajaran bagi santri perempuan dipercayakan kepada menantu beliau, Ust. H. Ahmad Abu Nashor, Lc., M.HI., bersama istrinya Hj. Khoirunnisa, S.Pd.I., M.Pd., yang tak hanya mendampingi dalam kegiatan pendidikan, tetapi juga membina secara spiritual dan emosional.

Memasuki tahun 2006, KH. Ali Maufur mempercayakan kepemimpinan sistem pendidikan kepada Ust. Ahmad Abu Nashor. Beliau kemudian merancang program Dirosah Diniyyah, yakni kurikulum pendidikan Islam yang memadukan metode bandongan, qiro’ah (membaca), dan muhafadzoh (menghafal). Para santri dibagi ke dalam tiga tingkatan kelas, berdasarkan hasil ujian kompetensi yang dilakukan setiap awal tahun ajaran. Kurikulum ini mencakup berbagai cabang ilmu seperti: Fiqih, Tajwid, Bahasa Arab, Nahwu-Shorof, Akhlaq, Sejarah Islam, Al-Qur’an Hadits, dan Tafsir serta pelajaran fiqih tematik seperti Faraidh, Risalah Haid, dan lainnya.

Selain kegiatan pembelajaran formal, santri Pondok Pesantren Al-Khoir juga aktif dalam berbagai kegiatan pengembangan diri, seperti: Khithobah (latihan ceramah dan pidato), Marhabanan (pembacaan Barzanji), Bahtsul Masa’il, Istighotsah, Tahlilan, dan Yasinan, Ziarah ke makam Wali Songo, Kesenian Marawis, Lomba-lomba Islami, Organisasi santri, Kegiatan olahraga dan kebugaran.

Dengan kombinasi antara pendidikan keilmuan dan kegiatan pembentukan karakter, Pondok Pesantren Al-Khoir terus berkomitmen mencetak santri yang tidak hanya cerdas secara intelektual, tetapi juga matang secara spiritual dan sosial.