Pengurus pondok pesantren adalah sekelompok santri yang diberi amanah untuk membantu jalannya kegiatan di lingkungan pesantren, baik dalam bidang keagamaan, kedisiplinan, kebersihan, maupun kegiatan sosial dan kemasyarakatan. Keberadaan pengurus sangat penting dalam menciptakan suasana pesantren yang tertib, dinamis, dan kondusif bagi proses belajar dan pembinaan karakter santri.
Selain sebagai pelaksana tugas-tugas tertentu, pengurus juga merupakan wadah pembelajaran organisasi bagi santri. Melalui kepengurusan, santri dilatih untuk bertanggung jawab, bekerja sama, memimpin, dan mengambil keputusan secara bijak. Ini menjadi bagian penting dalam pendidikan karakter dan kemandirian yang ditanamkan oleh pesantren.
Di Pondok Pesantren Al-Khoir, sistem kepengurusan juga diterapkan secara terstruktur. Terdapat pembagian pengurus untuk santri putra dan santri putri, yang masing-masing memiliki tugas, peran, dan tanggung jawab yang telah ditentukan. Dengan adanya kepengurusan ini, diharapkan santri dapat tumbuh menjadi pribadi yang disiplin, berjiwa pemimpin, dan siap terjun dalam kehidupan bermasyarakat.
